Nacionalna liga 2009 će se odigrati po dorađenom sistemu takmičenja u odnosu na prošlu godinu.

Grupa A se sastoji od dve minigrupe. Prvu minigrupu će činiti timovi Kragujevac, Kraljevo, Klek; dok će u drugoj minigrupi biti Beograd Plavi Zmajevi, Vrbas i Pančevo.

Timovi će u okviru minigrupa igrati dvokružno i po jednom sa svakim timom iz druge grupe. Na ovaj način ostaće isti broj utakmica koji je i planiran prvobitno. Dakle, svaki tim ima sedam zagarantovanih utakmica.

Sistem plejofa je takođe izmenjen zbog promenjenog broja timova. Prve četiri ekipe iz grupe A plasiraće se u plejof, dok će šestoplasirani tim (A6) direktno ispasti u grupu B. Petoplasirana ekipa će igrati baraž sa poraženim iz duela prva dva tima grupe B ( B1-B2), za popunu preostalog mesta u grupi A. Pobednik duela B1-B2 igraće protiv četvrte ekipe iz grupe A (A4),i to će biti Wild Card utakmica. Pobednik tog duela igraće sa prvoplasiranom (A1) ekipom grupe A na kraju regularnog dela sezone. To će biti prvo polufinale. Drugo polufinale odigraće drugoplasirana i trećeplasirana ekipa grupe A (A2-A3)

U grupi Sever-Jug (B), nalaze se timovi iz grupa Sever i Jug iz prošle sezone, kao i novi tim Jagodina Ćurana.

Timovi će igrati jednokružno sa svakim timom iz grupe. Jedna ekipa će zbog neparnog broja timova pauzirati u svakom kolu.

Dva najbolja tima iz ove grupe boriće se za jedno mesto u plej-ofu, koje u 2010. takođe vodi u grupu Centar. Drugoplasirani mini plej-ofa igraće u baražu sa 5. ekipom grupe Centar.